Badan Pembina Harian
Rektor
Biro Akademik, Kemahasiswaan dan Keuangan
Biro Umum, SDM dan Humas
Lembaga Penjamin Mutu
Lembaga Penelitian dan Pengabdian Masyarakat
Lembaga Pengkajian Al-Islam dan Kemuhammadiyahan
Lembaga Pengembangan Inovasi dan Inkubator Bisnis
Direktorat Pengembangan Pesantren dan Sekolah
UPT Bahasa
UPT Perpustakaan
UPT Percetakan dan Penerbitan
UPT IT dan Data
Pusat Kaji Halal